Esta es la aplicación de Linux llamada QUAST cuya última versión se puede descargar como quast-5.0.2.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada QUAST with OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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CUATRO
DESCRIPCIÓN
QUAST realiza una evaluación y comparación de calidad rápida y conveniente de conjuntos de genomas.
QUAST calcula una serie de métricas conocidas, incluida la precisión de contig, el número de genes descubiertos, N50 y otros, así como la introducción de nuevos, como NA50 (consulte los detalles en el documento y en el manual). Un análisis completo da como resultado tablas de resumen (en texto sin formato, formatos separados por tabuladores y LaTeX) y gráficos coloridos. La herramienta también produce informes basados en la web que condensan toda la información en un archivo de fácil navegación.
QUAST tiene una interfaz de línea de comandos intuitiva y un manual detallado para ayudar a los usuarios a ejecutarlo y comprender su salida. Además, el laboratorio inició una versión Beta de web-QUAST en http://quast.bioinf.spbau.ru/ lo que simplifica aún más la evaluación de la calidad.
Los artículos QUAST y MetaQUAST (extensión para ensamblajes metagenómicos) se publicaron en Bioinformatics.
Caracteristicas
- informes basados en web, tablas en txt simple, formatos separados por tabuladores y LaTeX
- gráficos e histogramas de colores
- evaluación de la calidad con y sin genoma de referencia
- evaluación de la calidad de los ensamblajes metagenómicos
- navegador contig interactivo
Audiencia
Ciencia / Investigación, Desarrolladores, Usuarios finales / Escritorio
Interfaz de usuario
Línea de comandos basada en web
Lenguaje de programación
Pitón, JavaScript
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/quast/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
