gmx-bar - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-bar - Рассчитать оценки разницы свободной энергии с помощью коэффициента приемлемости Беннета.

СИНТАКСИС

гмкс бар [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-ой [<.xvg>]] [-ой [<.xvg>]] [-[Теперь] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-темп ] [-prec ]
[-nbмин ] [-nbmax ] [-нбин ] [- [нет] extp]

ОПИСАНИЕ

GMX бар вычисляет оценки разности свободной энергии через коэффициент принятия Беннета
метод (BAR). Он также автоматически добавляет серию отдельных свободных энергий, полученных с помощью
BAR в комбинированную оценку свободной энергии.

Каждая отдельная разница в свободной энергии БАР основана на двух симуляциях в разных состояниях:
скажем, состояние A и состояние B, которые контролируются параметром лямбда (см. .mdp параметр
init_lambda). Метод BAR вычисляет отношение средневзвешенного гамильтониана
отличие состояния B от состояния A и наоборот. Энергетические отличия от других
состояние должно быть вычислено явно во время моделирования. Это можно сделать с помощью .mdp
вариант внешняя_лямбда.

Вариант ввода -f ожидает нескольких dhdl.xvg файлы. Поддерживаются два типа входных файлов:

· Файлы с более чем одним y-ценить. В файлах должны быть столбцы с dH / dlambda и
Deltalambda. Значения лямбда выводятся из легенд: лямбда
моделирование из легенды dH / dlambda и иностранных значений лямбда из
легенды Дельты H

· Файлы только с одним y-ценить. С помощью -extp вариант для этих файлов предполагается
, что y-значение равно dH / dlambda и что гамильтониан линейно зависит от лямбда.
Значение лямбда моделирования выводится из подзаголовка (если он есть),
в противном случае из числа в подкаталоге в имени файла.

Лямбда симуляции анализируется из dhdl.xvg легенда файла, содержащая строку
'dH', иностранные лямбда-значения из легенды, содержащие заглавные буквы 'D' и
'ЧАС'. Температура извлекается из строки легенды, содержащей «T =».

Вариант ввода -g ожидает нескольких .edr файлы. Они могут содержать либо списки энергий
различия (см. .mdp вариант отдельный_dhdl_file) или серию гистограмм (см.
.mdp кредита dh_hist_size и dh_hist_spacing). Значения температуры и лямбда
автоматически выводится из энер.эдр .

В дополнение к .mdp вариант внешняя_лямбда, разница в энергии также может быть
экстраполировано из значений dH / dlambda. Это делается с помощью опции ``-extp '', которая
предполагает, что гамильтониан системы линейно зависит от лямбда, что обычно не является
случай.

Оценки свободной энергии определены с использованием BAR с делением пополам с точностью
выходной набор с -prec. Оценка погрешности с учетом временных корреляций:
производится путем разделения данных на блоки и определения разницы свободной энергии по
эти блоки и предполагая, что блоки независимы. Окончательная оценка ошибки:
определяется из средней дисперсии по 5 блокам. Диапазон номеров блоков для ошибок
оценка может быть предоставлена ​​с опциями -nbмин и -nbmax.

GMX бар пытается агрегировать образцы с одинаковыми «родными» и «чужими» значениями лямбда, но
всегда предполагает независимые образцы. Внимание что при агрегировании энергии
различия / производные с разными интервалами выборки, это почти наверняка не
верный. Обычно последующие энергии коррелируют, и разные временные интервалы означают
разная степень корреляции между образцами.

Результаты разделены на две части: последняя часть содержит окончательные результаты в кДж / моль,
вместе с оценкой ошибки для каждой части и общей суммы. Первая часть содержит
подробные оценки разности свободной энергии и меры перекрытия фазового пространства в единицах kT
(вместе с расчетной оценкой погрешности). Напечатанные значения:

· Lam_A: значения лямбда для точки A.

· Lam_B: значения лямбда для точки B.

· DG: оценка свободной энергии.

· S_A: оценка относительной энтропии B в A.

· S_B: оценка относительной энтропии A в B.

· Stdev: оценка ожидаемого стандартного отклонения по выборке.

Относительную энтропию обоих состояний в ансамбле друг друга можно интерпретировать как
мера перекрытия фазового пространства: относительная энтропия s_A рабочих образцов lambda_B
в ансамбле lambda_A (и наоборот для s_B) является мерой «расстояния»
между распределениями Больцмана двух состояний, которая стремится к нулю для одинаковых
раздачи. См. Wu & Kofke, J. Chem. Phys. 123 084109 (2005) для получения дополнительной информации.

Оценка ожидаемого стандартного отклонения для каждой выборки, как указано в оригинале Беннета.
Статья BAR: Bennett, J. Comp. Phys. 22, стр. 245 (1976). Уравнение 10 дает оценку
качество выборки (не напрямую от фактической статистической ошибки, поскольку предполагает
независимые образцы).

Чтобы получить визуальную оценку перекрытия фазового пространства, используйте -ой возможность написать серию
гистограммы вместе с -нбин опцию.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-g [<.edr> [...]] (энерг.эдр) (Опционально)
Энергетический файл

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xvg>] (бар.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ой [<.xvg>] (баринт.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ой [<.xvg>] (гистограмма.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-b (0)
Время начала для BAR

-e (-1)
Время окончания BAR

-темп (-1)
Температура (К)

-prec (2)
Количество цифр после десятичной точки

-nbмин (5)
Минимальное количество блоков для оценки ошибки

-nbmax (5)
Максимальное количество блоков для оценки ошибки

-нбин (100)
Количество бинов для вывода гистограммы

- [нет] extp (Нет)
Следует ли линейно экстраполировать значения dH / dl для использования в качестве энергии

Воспользуйтесь gmx-bar онлайн с помощью сервисов onworks.net