Это команда gmx-bundle, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-bundle - анализирует связки осей, например спирали
СИНТАКСИС
пакет gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ол [<.xvg>]] [-од [<.xvg>]] [-унция [<.xvg>]]
[-от [<.xvg>]] [-отр [<.xvg>]] [-отл [<.xvg>]]
[-Хорошо [<.xvg>]] [-окр [<.xvg>]] [-окл [<.xvg>]]
[-оа [<.pdb>]] [-b ] [-e ] [-дт ]
[-ту ] [-xvg ] [созданный ] [- [нет] г]
ОПИСАНИЕ
GMX пакет анализирует связки осей. Оси могут быть, например, осями спирали. Программа
читает две группы индексов и разделяет их на созданный части. Центры масс этих
части определяют вершины и основания осей. В файл записывается несколько величин:
длина оси, расстояние и z-сдвиг средних точек оси относительно
средний центр всех осей, общий наклон, радиальный наклон и боковой наклон с
относительно средней оси.
С опциями -Хорошо, -окр и -окл общие, радиальные и боковые перегибы осей равны
нанесен. Требуется дополнительная индексная группа атомов кинка, которая также делится на созданный
части. Угол перегиба определяется как угол между верхним и нижним перегибами.
векторы.
С опцией -оа верх, середина (или изгиб, когда -Хорошо задано), а нижние точки каждой оси
написано в .pdb файл каждый кадр. Номера остатков соответствуют номерам осей.
При просмотре этого файла с помощью Rasmol используйте параметр командной строки -нмрпдб, и введите набор ось
правда для отображения опорной оси.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-ол [<.xvg>] (bun_len.xvg)
xvgr / xmgr файл
-од [<.xvg>] (bun_dist.xvg)
xvgr / xmgr файл
-унция [<.xvg>] (bun_z.xvg)
xvgr / xmgr файл
-от [<.xvg>] (bun_tilt.xvg)
xvgr / xmgr файл
-отр [<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)
xvgr / xmgr файл
-отл [<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)
xvgr / xmgr файл
-Хорошо [<.xvg>] (bun_kink.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-окр [<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-окл [<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-оа [<.pdb>] (оси.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-ту (Пс)
Единица для значений времени: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
созданный (0)
Количество осей
- [нет] г (Нет)
Использовать z- ось в качестве опорной вместо средней оси
Используйте gmx-bundle онлайн с помощью сервисов onworks.net