Đây là ứng dụng Linux có tên BisSNP có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống là BisSNP-1.0.0.jar. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên BisSNP này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
BisSNP
Ad
MÔ TẢ
Hiện có trong Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP là một gói dựa trên khung thu gọn bản đồ của Bộ công cụ phân tích bộ gen (GATK) để định kiểu gen trong giải trình tự song song được xử lý bằng bisulfit (Bisulfite-seq, NOMe-seq và RRBS) trên nền tảng Illumina. Nó sử dụng suy luận bayes với xác suất methyl hóa được chỉ định thủ công hoặc được ước tính tự động trong bối cảnh cytosine khác nhau (không chỉ CpG, CHH, CHG trong Bisulfite-seq, mà còn GCH et.al. trong trình tự xử lý bằng bisulfite khác) để xác định đồng thời kiểu gen và mức độ methyl hóa . Nó hoạt động cho cả đọc một đầu và một đầu ghép nối. Tính đặc hiệu và độ nhạy đã được xác nhận bởi mảng Illumina IM SNP. Trong dữ liệu ngưỡng mặc định 30X (thang điểm Phred> 20), nó có thể phát hiện 92.21% SNP dị hợp tử với tỷ lệ dương tính giả 0.14%. Việc gọi cytosine không chỉ dựa trên ngữ cảnh tham chiếu, vì vậy nó có thể phát hiện bối cảnh cytosine không tham chiếu. Nhóm Google để được trợ giúp: http://goo.gl/zL7Nj
Tính năng
- Người gọi SNP
- người gọi methyl hóa
- Bisulfite-seq / NOMe-seq / RRBS
- phân loại gen
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Perl, Java
Danh Mục
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
