これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドallversusalleです。
プログラム：
NAME
allversusall-all-versus-all比較からのシーケンス類似性データ。
SYNOPSIS
全対全 -seqinpath ディレクトリリスト [-マトリックス マトリックス] [-ギャップペン フロート] [-gapextend フロート]
-datoutdir 外向き -ログファイル アウトファイル
全対全 -助けて
DESCRIPTION
全対全 EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Utils：Databasecreation」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-seqinpath ディレクトリリスト
デフォルト値：./
-マトリックス マトリックス
このオプションは、シーケンスに使用される残基置換行列を指定します
比較。 デフォルト値：EBLOSUM62
必須
NEW
-ギャップペン フロート
このオプションは、ギャップ挿入ペナルティを指定します。 ギャップ挿入ペナルティは
ギャップが作成されたときにスコアが削除されます。 最適な値は、選択内容によって異なります
比較行列。 デフォルト値は、EBLOSUM62マトリックスを使用していることを前提としています。
タンパク質配列、およびヌクレオチド配列のEDNAFULLマトリックス。 デフォルト値：10
-gapextend フロート
このオプションは、ギャップ拡張ペナルティを指定します。 ギャップ拡張、ペナルティが追加されます
ギャップ内の各塩基または残基の標準ギャップペナルティに。 これはどのくらいのギャップです
罰せられます。 通常、多くの短いギャップではなく、いくつかの長いギャップが予想されます。
ギャップ拡張ペナルティは、ギャップペナルティよりも低くする必要があります。 例外はここにあります
一方または両方のシーケンスはシングルリードであり、シーケンスエラーが発生する可能性があります。
多くの単一塩基ギャップが予想されます。 ギャップを設定することでこの結果を得ることができます
ペナルティをゼロ（または非常に低い）に開き、ギャップ拡張ペナルティを使用してギャップを制御する
得点。 デフォルト値：0.5
出力
-datoutdir 外向き
このオプションは、シーケンス類似性データファイル（出力）の場所を指定します。 ディフォルト
価値： 。/
-ログファイル アウトファイル
このオプションは、ALLVERSUSALLログファイル（出力）の名前を指定します。 ログファイル
ALLVERSUSALLの実行中に発生したエラーに関するメッセージが含まれています。 デフォルト値：
allversusall.log
onworks.netサービスを使用してオンラインでallversusalleを使用する
