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プログラム：

NAME

altree - 系統樹を使用した関連性および局在化テスト

SYNOPSIS

アルツリー[オプション]

オプション：
--version プログラムのバージョン
--short-help|h 簡単なヘルプ メッセージ
--help オプションの説明を含むヘルプ メッセージ
--manの完全なドキュメント
--association|a アソシエーション テストを実行します。
--s-localisation|l S 文字を使用してローカリゼーションを実行します
--first-input-file|i 系統再構成プログラムからの result_file
--second-input-file|j ハプロタイプを持つ症例/対照の数を含むファイル
--出力ファイル|o 出力ファイル
--データ型|t DNA|SNP
--data-qual|q 定性|定量
--outgroup アウトグループ名
--remove-outgroup
--tree-building-program|p philip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
--延長なし
--chi2-threshold|n 値
--順列|r 番号
--解析する木の数number
--分析するツリーの番号
--s-site-number 番号
--s-site-characters 祖先状態 -> 派生状態
--co-evo|e シンプル|ダブル
--print-tree
--anc-seq 祖先シーケンス (philip のみ)
--nb-files 分析する入力ファイルの数 (関連付けテストのみ)

OPTIONS

- バージョン
プログラムのバージョンを出力して終了します。

--短いヘルプ
簡単なヘルプメッセージを印刷して終了します。

- 助けて オプションの説明を含むヘルプ メッセージを出力して終了します。

- 男 マニュアルページを印刷して終了します。

--関連付け|a
アソシエーションテストを実行する

--s-localisation|l
「S字法」による感受性軌跡の位置特定

--最初の入力ファイル|i 結果ファイル
入力ファイル 1 (paup、phylip、または paml 結果ファイル)。 入力ファイルが複数ある場合
分析する場合、それらの名前はコロンで区切る必要があります。 例: input1:input2 など

--XNUMX 番目の入力ファイル|j 対応ファイル
入力ファイル 2、デフォルト 対応する.txt。 入力ファイル 2 の番号は同じでなければなりません
入力ファイル 1 の番号として入力します。別の入力ファイル 2 の名前は次のようにする必要があります。
コロンで区切る

--出力ファイル|o アウトファイル
出力ファイル

--データ型|t "DNA"|"SNP"
データの種類: DNA (ATGCU) または SNP (0-1)

--data-qual|q "定性的"|"定量的"
定性的 (症例/対照) または定量的データを分析する

--アウトグループ アウトグループ
このアウトグループを使用してツリーをルート化します

--remove-outgroup
テストを実行する前にツリーのアウトグループを削除してください

--ツリー構築プログラム|p "フィリップ"|"ポープ"|"パムル"
系統再構成プログラム

--splitmode|s "nosplit"|"chi2split"
あるレベルから別のレベルにテストがどのように実行されるか

--延長なし
木に枝が伸びていないこと

--chi2-しきい値|n 値
chi2 の有意性しきい値 (デフォルト値 0.01)

--順列|r 数
正確な p_value を計算するために使用される順列の数 (関連付けのみ)
テスト）

--分析する木の数 数
局在化解析で解析する木の数（局在化のみ）
S字を使用した方法）

--分析するツリー 数
このオプションを使用すると、(ランダムではなく) 使用するツリーを指定できます。 に使える
複数のツリーを指定するには、何度か繰り返します。

--s-サイト番号 数
配列内の S 文字部位の数 (を使用した位置特定方法の場合のみ)
S字）

--s-site-characters 遷移
S キャラクターのキャラクター状態: 祖先状態 -> 派生状態 例: G->C または
0->1 (S-character を使用した位置特定方法の場合のみ)

--co-evo|e "シンプル"|"ダブル"
共進化指数の種類
シンプル: S の anc -> der 遷移のみが使用されます
double: XNUMX つの可能なトランジションが使用されます

--print-tree
このオプションを選択すると、ツリーが出力に出力されます。

--anc-seq anc_seq
このオプションを使用すると、祖先シーケンスを指定できます。 このオプションはあくまで
philip と
ファイル「ancestors」で指定された祖先の状態

--nb-ファイル 数
このオプションでは、分析する入力ファイルの数 (1 および 2) を指定します。
このオプションはアソシエーション テストでのみ機能します。 木の数が多い場合は注意してください
異なる入力ファイルでは同じではありません: 選択したツリーが存在しない場合
ファイルが XNUMX つあると、プログラムは正しく動作しません

DESCRIPTION

この プログラム 実行する

(a) 候補遺伝子と疾患または量的形質との関連検査

(b) 局在性テスト: どの SNP が決定論に関与しているかを検出できます。
病気または量的形質

これら XNUMX つのテストは、ハプロタイプ系統樹の分析に基づいています。

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