これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドcmtk-registrationxです。
プログラム：
NAME
Registrationx-リジッドおよびアフィン登録
SYNOPSIS
登録x 参照画像フローティング画像
DESCRIPTION
このプログラムは、多重解像度を使用してリジッドでアフィンな画像レジストレーションを実行します
ボクセルベースの画像類似性測定の最適化。
OPTIONS
グローバル BHツールキット オプション （これら shared by を CMTK ツール)
- 助けて
基本的なコマンドラインオプションのリストを標準出力に書き込みます。
--ヘルプ-オール
基本および高度なコマンドラインオプションの完全なリストを標準出力に書き込みます。
--ウィキ
コマンドラインオプションのリストをMediaWikiマークアップの標準出力に書き込みます。
- 男
マニュアルページのソースを「nroff」マークアップで標準出力に書き込みます。
--xml
コマンドライン構文仕様をXMLマークアップで記述します（スライサー統合用）。
- バージョン
ツールキットのバージョンを標準出力に書き込みます。
- エコー
現在のコマンドラインを標準出力に書き込みます。
--詳細レベル
詳細レベルを設定します。
-詳細, -v
詳細レベルを1増やします（非推奨。下位互換性のためにサポートされています）。
-スレッド
並列スレッドの最大数を設定します（POSIXスレッドおよびOpenMPの場合）。
オートメーション オプション
--自動マルチレベル
の自動最適化と解像度パラメータの生成レベル [ディフォルト：
0]
最適化 設定
--最大ステップサイズ
オプティマイザーの最大ステップサイズ。これにより、検索スペースの探索が決まります。 [ディフォルト： 8]
--min-stepsize
精度を決定する最小オプティマイザステップサイズ。 [ディフォルト： 0.1]
--ステップファクター
検索ステップサイズの縮小の要因。 0.0以上1.0未満である必要があります [ディフォルト： 0.5]
--delta-f-threshold
ターゲットの相対的な変化があった場合に最適化（レベル）を終了するためのオプションのしきい値
関数がこの値を下回ります。 [ディフォルト： 0]
画像 分解能 パラメータ
- サンプリング , -s
画像サンプリング（最高のリサンプリング画像解像度） [ディフォルト： 1]
-- 最も粗い
多重解像度階層での画像サンプリングの上限 [ディフォルト： ～1】
-- 元のデータを省略
元のデータをフル解像度で使用しないでください。多重解像度の最終段階を省略してください
階層、したがって計算時間を短縮します。
変換 パラメータ
--自由度 [、 、...]
自由度の数を追加します。 これは、3（翻訳）、6（剛体：翻訳）になります。
および回転）、7（リジッドとグローバルスケール）、9（リジッドと異方性スケール）、12
（リジッドプラススケールプラスシアー）、3003（トランスレーションプラスシアー）、3033（トランスレーション、
せん断、およびスケール）または3303（剛体とせん断、ただしスケールなし）。 このオプションは
繰り返されます。この場合、DOFは、次の順序で連続する最適化の実行に使用されます。
それらが現れること。
--dofs-final [、 、...]
最終レベルのみの自由度の数を追加[繰り返すことができます]
-対称
対称レジストレーション関数を使用して、順方向と逆方向を同時に推定します
変身。 これにより、ラギストレーション時間が大幅に増加しますが、結果が得られます
これは、固定画像と動画の交換の下では不変です。 それはまたもっとかもしれません
転送のみの登録よりも堅牢かつ/または正確です。
-面内制限
特定の平面に垂直な平面のアフィン変換を面内に制限します
座標軸。 サポートされている値： "xy"、 "xz"、 "yz"、 "none"、デフォルトは
「なし」、または次のいずれかを使用します。
--xy 'xy'平面（zに垂直）の面内に制限された変換
座標軸）。
--xz 'xz'平面（yに垂直）の面内に制限された変換
座標軸）。
--yz 'yz'平面（xに垂直）の面内に制限された変換
座標軸）。
- なし
完全な3Dアフィン変換が計算されます。 [この is ディフォルト]
- 初期化
アフィン変換の初期化子を選択します。 サポートされている値： "none"、 "fov"、
「com」、「pax」、「physical」、デフォルトは「fov」、または次のいずれかを使用します。
- なし
入力変換を使用するか、何も提供されていない場合はID変換を使用します。
--fov
平行移動を使用して、視野（またはトリミング領域）の中心を揃えます。 [この is
ディフォルト]
--com
平行移動を使用して重心を位置合わせします。
--パックス
主軸を使用した回転との中心を使用した平行移動によって画像を位置合わせします
質量。
- 物理的
入力画像に保存されている方向ベクトルを使用して回転により画像を位置合わせし、
画像の原点を使用した翻訳。
- イニシャル
指定されたパスから変換を初期化します [ディフォルト： なし]
--initial-is-inverse
登録を初期化する前に初期変換を反転する
画像 データ
--登録メトリック
画像間レジストレーションによるモーションエスティメーションのレジストレーションメトリック。 サポートされています
値： "nmi"、 "mi"、 "cr"、 "rms"、 "msd"、 "ncc"、デフォルトは "nmi"、または使用
次のいずれか：
--nmi
正規化された相互情報量メトリック [この is ディフォルト]
-- み 標準の相互情報量メトリック
--cr 相関比メトリック
--rms
二乗平均平方根メトリック（これはMSDの平方根です）
--msd
平均二乗差メトリック
--ncc
正規化された相互相関メトリック
フローティング 画像 補間 オプション
- 補間
フローティング画像サンプリングの内挿法：サポートされている値： "nearest-
「neighbor」、「linear」、「cubic」、「cosine-sinc」、「partial-volume」、「automatic」、ここで、
デフォルトは「自動」であるか、次のいずれかを使用します。
-最近傍
最近隣内挿法（強度およびラベルデータ用）
- 線形
トリリニア補間
- キュービック
三立方補間
-コサイン-sinc
コサインウィンドウのsinc補間（最も正確ですが最も遅い）
-部分ボリューム
部分ボリューム補間（ラベルデータ用）
-自動
データ型に基づいて補間を自動的に選択します：グレーレベルの線形
データ、ラベルデータの最近傍。 [この is ディフォルト]
--マッチヒストグラム
フローティング画像のヒストグラムを参照画像のヒストグラムに一致させます。
--force-outside-value
不完全なピクセルをドロップするのではなく、視野外の値をこの値に強制します
足 [ディフォルト： 無効]
参照 画像 前処理
--クラス参照
データクラス：灰色（デフォルト）またはラベル [ディフォルト： なし]
--pad-ref
パディング値 [ディフォルト： 無効]
--thresh-min-ref
最小値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]
--thresh-max-ref
最大値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]
--プルーン-ヒストグラム-ref
ヒストグラムベースの剪定のビンの数 [ディフォルト： 無効]
-ヒストグラム均等化-ref
ヒストグラム均等化を適用する
--median-filter-radius-ref
指定された半径でメディアンフィルターを適用します [ディフォルト： 0]
--sobel-フィルター参照
Sobelエッジ検出フィルターを適用します
--crop-index-ref
ピクセルインデックス座標のトリミング領域[％d、％d、％d、％d、％d、％dとして解析
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [ディフォルト： なし]
--crop-world-ref
世界座標での領域のトリミング[％f、％f、％f、％f、％f、％fとして解析
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [ディフォルト： なし]
--crop-thresh-ref
しきい値に基づく自動トリミング [ディフォルト： 無効]
フローティング 画像 前処理
--クラス-flt
データクラス：灰色（デフォルト）またはラベル [ディフォルト： なし]
--pad-flt
パディング値 [ディフォルト： 無効]
--thresh-min-flt
最小値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]
--thresh-max-flt
最大値の切り捨てしきい値 [ディフォルト： 無効]
--プルーン-ヒストグラム-flt
ヒストグラムベースの剪定のビンの数 [ディフォルト： 無効]
-ヒストグラム均等化-flt
ヒストグラム均等化を適用する
--メディアンフィルター半径-flt
指定された半径でメディアンフィルターを適用します [ディフォルト： 0]
--sobel-フィルター-flt
Sobelエッジ検出フィルターを適用します
--crop-index-flt
ピクセルインデックス座標のトリミング領域[％d、％d、％d、％d、％d、％dとして解析
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [ディフォルト： なし]
--crop-world-flt
世界座標での領域のトリミング[％f、％f、％f、％f、％f、％fとして解析
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [ディフォルト： なし]
--crop-thresh-flt
しきい値に基づく自動トリミング [ディフォルト： 無効]
出力 パラメータ
- 出力 , -o
最終変換の出力パス [ディフォルト： なし]
--書き込み行列
行列形式での最終変換の出力パス [ディフォルト： なし]
--書き込みパラメータ
プレーンパラメータリスト形式での最終変換の出力パス [ディフォルト： なし]
--書き込みプロトコル
最適化プロトコル出力ファイル名 [ディフォルト： なし]
-書き込み時間
計算時間統計出力ファイル名 [ディフォルト： なし]
インポート 結果 に スライサー
--write-itk
ITK形式での最終変換の出力パス [ディフォルト： なし]
-書き込み-再フォーマット
再フォーマットされたフローティングイメージを書き込みます。 [ディフォルト： なし]
画像/変換 データベース
--db
新しい画像/変換データベースへのパス
登録および/または再フォーマットされた画像。 [ディフォルト： なし]
作者
Torsten Rohlfing、Michael P. Hasak、Greg Jefferis、CalvinRからの寄稿。
Maurer、Daniel B. Russakoff、およびYaroslav Halchenko
onworks.netサービスを使用してオンラインでcmtk-registrationxを使用する
