これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド pynast です。
プログラム：
NAME
PyNAST - 短い DNA 配列のアラインメント
SYNOPSIS
パイナスト [オプション] {-私 入力_fp -t テンプレート_fp}
DESCRIPTION
[] は任意の入力を示します (順序は重要ではありません) {} は必須の入力を示します (順序は重要ではありません)。
重要でない)
例 使用法：
パイナスト -i my_input.fasta -t my_template.fasta
OPTIONS
- バージョン
プログラムのバージョン番号を表示して終了します
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-t TEMPLATE_FP、 --template_fp=TEMPLATE_FP
テンプレート配置ファイルへのパス [必須]
-i INPUT_FP、 --input_fp=入力_FP
入力 fasta ファイルへのパス [必須]
-v, -詳細
実行中にステータスやその他の情報を出力する [デフォルト: False]
-p MIN_PCT_ID、 --min_pct_id=MIN_PCT_ID
配列を一致と見なすための最小パーセント配列同一性 [デフォルト: 75.0]
-l MIN_LEN、 --min_len=MIN_LEN
NAST アラインメントに含める最小シーケンス長 [デフォルト: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD、 --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
ペアワイズ アラインメントを実行する方法 [デフォルト: uclust]
-a FASTA_OUT_FP、 --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
結果のアラインメント ファイルを保存するパス [デフォルト: 入力ファイルパスから派生]
-g LOG_FP、 --log_fp=LOG_FP
ログファイルを保存するパス [デフォルト: 入力ファイルパスから派生]
-f FAILURE_FP、 --failure_fp=失敗_FP
整列に失敗した seq のファイルを格納するパス [デフォルト: 入力から派生
ファイルパス]
-e MAX_E_VALUE、 --max_e_value=MAX_E_VALUE
減価償却。 PyNAST 1.2 で削除されます
-d BLAST_DB、 --blast_db=BLAST_DB
減価償却。 PyNAST 1.2 で削除されます
onworks.net サービスを使用してオンラインで pynast を使用する
